Охраняемые птицы — редкие или исчезающие птицы, за которыми на областном или федеральном уровне установлен особый контроль. Изучение птиц на территории нацпарка ведётся с 1982 года: орнитологи регулярно фиксируют распространение, численность, статус, экологию и поведение птиц. Сперва этим занимались питерские орнитологи на полевом стационаре в деревне Осыно, сейчас — сотрудники нацпарка. 51 вид редких птиц подробно описан в статье: